Федеральное государственное казенное учреждение «Управление лесного хозяйства и природопользования» Министерства обороны Российской Федерации находится в ведомственном подчинении Министерства обороны Российской Федерации и непосредственно подчиняется Департаменту имущественных отношений Министерства обороны Российской Федерации.
Тип Федерального государственного учреждения «Управление эксплуатации и расквартирования Министерства обороны Российской Федерации» изменен на федеральное государственное казенное учреждение «Управление эксплуатации и расквартирования» Министерства обороны Российской Федерации в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 29 марта 2012 г. №422-р.
В соответствии с приказом Министра обороны Российской Федерации от 06 октября 2011 г. №1813 федеральное государственное казенное учреждение «Управление эксплуатации и расквартирования» Министерства обороны Российской Федерации переименовано в федеральное государственное казенное учреждение «Территориальное управление лесного хозяйства» Министерства обороны Российской Федерации.
В сентябре 2015г. приказом Министра обороны Российской Федерации от 11 февраля 2015 г. №72 федеральное государственное казенное учреждение «Территориальное управление лесного хозяйства» Министерства обороны Российской Федерации переименовано в Федеральное государственное казенное учреждение «Управление лесного хозяйства и природопользования» Министерства обороны Российской Федерации.